En 1793, un décret de la Convention supprime toutes les universités de France, intimement liées aux instances catholiques, pour les remplacer par des écoles. Quelques années plus tard, en 1808, Napoléon remet les universités au goût du jour. Mais, s’il prévoit des facultés de théologie, il ne demande pas l’approbation de l’Eglise. Il faudra attendre la loi du 12 juillet 1875, qui accorde la liberté de fonder des établissements privés d’enseignement supérieur, pour que les universités catholiques reviennent dans le paysage français.

Les évêques de France fondent alors en quelques années cinq universités, à Paris, Angers, Lyon, Lille et Toulouse. Elles ne resteront pas « universités » bien longtemps puisque en 1880 une loi interdit aux établissements d’enseignement supérieur privés de porter ce titre, du moins en France. Les cinq établissements sont donc officiellement des instituts, même s’ils ne se privent pas pour se « marketer » en tant qu’universités.

Ces cinq établissements, créés par l’Eglise, restent en lien étroit avec l’institution. Ils intègrent des réseaux européens ou mondiaux regroupant l’ensemble des 200 universités catholiques du monde. Les missions d’une université catholique, française ou non, au regard de l’Eglise sont définies par un texte de Jean-Paul II, Ex Corde Ecclesiae, entré en vigueur en 1991. Juridiquement, ce sont des associations de loi 1901, régies par une assemblée d’évêques fondateurs. L’ensemble des diocèses de ces évêques (territoires géographiques d’exercice) forme le territoire académique des universités. En tête de l’organigramme, on trouve un chancelier qui est l’archevêque ou l’évêque de la ville d’implantation. Ces ecclésiastiques ne sont pas chargés de la gestion quotidienne des universités, dirigées par un recteur qui peut-être un ecclésiastique, mais également un laïc, comme Pierre Cahné à l’institut de Paris.

Les universités catholiques ont recours à une multitude de sources de financement. Elles peuvent obtenir des subventions d’Etat, faire appel aux entreprises dans le cadre de campagnes de levée de fonds mais aussi pour la taxe professionnelle, ainsi qu’aux dons de particuliers et comptent, bien sûr, sur les droits d’inscription versés par les étudiants. Des quêtes sont également organisées dans les églises des diocèses où sont implantés les instituts, comme ce fut, par exemple, le cas le 15 mars 2009 dans les 34 diocèses fondateurs de l'Institut catholique de Paris (ICP).

Dans un document destiné aux entreprises, l’université catholique de Lille explique que le coût moyen annuel d’un étudiant est de 7.200 euros. La participation de l’étudiant est de 4.000 euros, 1.200 euros sont couverts par des subventions d’Etat, 1.000 euros par la taxe d’apprentissage et 1.000 euros par des autres ressources et dons.

Les cinq instituts catholiques de France représentent près de 35.000 étudiants, dont 8.000 étrangers. Celui de Lille est le plus important, avec 9.300 étudiants, et celui de Toulouse le plus petit avec 3.400 étudiants. On y trouve différents types de cursus. Il y a les filières universitaires qui comprennent à la fois les formations théologiques et les formations profanes (non religieuses) telles l’histoire, les lettres… Les instituts catholiques sont également à l’origine de plusieurs grandes écoles, d’ingénieurs, de journalisme (l’Ecole de journalisme de Toulouse) ou encore de management (l’Essec). Ces écoles sont toutes encore plus ou moins liées aux instituts catholiques. Quant aux professeurs qui enseignent dans ces différentes filières, ce sont, en général, des enseignants-chercheurs titulaire d’un doctorat français ou d’un PhD d’une université étrangère.

Depuis 1880, les universités catholiques n’ont plus le droit de délivrer des titres universitaires, l’Etat ayant le monopole des titres et grades. Des accords existent cependant pour la reconnaissance des diplômes. Les filières universitaires des instituts suivent le schéma LMD (Licence, master, doctorat) et délivrent des diplômes nationaux en convention avec les universités publiques. Pour le doctorat, des partenariats existent avec des laboratoires publics, notamment le CNRS. Pour les grandes écoles, il existe des diplômes visés par le ministère de l’Education nationale (écoles de management), ou reconnus par une commission ad hoc (Commission des titres d’ingénieurs par exemple). Certains diplômes, notamment religieux, sont néanmoins propres aux universités catholiques, ils sont reconnus par le Vatican.

Cette situation est en passe de changer. Un accord a été signé entre la France et le Vatican pour la reconnaissance mutuelle des diplômes. Le décret d’application de cet accord a été publié le 19 avril dernier. Désormais, les diplômes des universités catholiques partout en Europe, y compris les 5 instituts français, pourront être reconnus par les universités publiques. Par exemple : l’Université de Strasbourg pourra admettre en doctorat le titulaire d’un master de l’Institut Catholique de Paris. Ce type de reconnaissance mutuelle existait déjà, mais n’avait pas encore été encadré par l’Etat. Le décret a donc une forte portée symbolique même si, selon le ministère de l’Enseignement supérieur, les universités conservent « leur liberté de reconnaître ou non ce niveau de diplôme ». Un certain flou règne autour de cet accord, puisque la liste des diplômes concernés n’a pas été publiée. A l’origine, seuls les diplômes théologiques semblaient devoir être concernés, mais le quotidien La Croix suggère dans son édition du 21 avril 2009 que les diplômes profanes intégreront la liste. Une possibilité qui a fait réagir, entre autres, la Conférence des présidents d’universités (CPU) qui y est opposée en vertu du principe de laïcité de la République française.

Quant aux universités catholiques, elles restent, pour l’instant, très prudentes à cet égard et évitent de communiquer sur le sujet : elles savent que la question de la laïcité peut déclencher de vives passions en France. Mais une reconnaissance de leurs diplômes profanes ne serait pas pour leur déplaire : elles les mettrait sur un pied d’égalité avec les universités publiques. Une douce revanche sur l’histoire…