Chaque année, les quelque 650 lauréats sont affectés dans l'un des cinq établissements en fonction de leurs vœux et de leur rang de classement, pour une formation d’un an. Les IRA, écoles d’application, dispensent une formation qui se veut à la fois interministérielle – donner des compétences professionnelles transversales – et professionnelle, avec une alternance de cycles de formation et de stages. Pendant leur scolarité, les élèves ont le statut de fonctionnaire stagiaire et ils perçoivent une rémunération de l’ordre de 1.500 euros mensuel brut pour les externes, 1.700 euros pour les internes et ceux du 3e concours. Ils sont évalués tout au long de l’année, évaluation qui permet d’établir un classement de sortie, dont dépendra le choix de leur premier poste, dans une administration centrale ou un service déconcentré de l'Etat. Une vingtaine de corps sont accessibles à la sortie des IRA, dont principalement celui des attachés d’administration centrale, celui des attachés de préfecture et celui des attachés d’administration scolaire et universitaire.
La moitié des promotions des IRA sont affectées dans cette dernière catégorie, à l’Education nationale (collèges, lycées, rectorats, inspections académiques, universités etc…). L’association IRA3C, qui regroupe les anciens des IRA issus du 3e concours, note que souvent, ces emplois « se révèlent sous-dimensionnés au regard des niveaux des formations », notamment pour les cadres issus du 3e concours : « nous sommes recrutés sur nos compétences et notre expérience, mais ensuite le système prend le dessus, dès la formation. La fonction publique raisonne par cursus universitaires, et la logique est réglementaire et statutaire », explique le président d’IRA3C, Bruno Borghese, lui-même originaire du secteur du livre et actuellement au poste de directeur régional adjoint de la Défense en Bourgogne Franche-Comté. D’autre part, «l’enseignement est généraliste, et on nous demande ensuite d’être spécialisés. On s’attend à autre chose, cela génère des frustrations», note un autre ancien, attaché de préfecture.
Par ailleurs, l'« éparpillement des corps issus des IRA entrave la mobilité au sein de la fonction publique », comme le déplorait le parti RPR en juin 2001, à l’occasion d’un forum sur la réforme de l’Etat. A ce propos, l’assocation IRA3C estime qu’« outre les aspects discriminants entre ces différents corps issus d’une identique formation originelle, ces disparités mobilisent des énergies et un temps considérables au sein des différents départements ministériels pour la gestion de ces corps ».