33 nouvelles universités ont accédé à l'autonomie au 1er janvier 2010. Il y a désormais 51 universités autonomes sur 80. Toutes devraient l’être d’ici 2012.

Les établissements autonomes disposent de nouvelles responsabilités en matière de gestion des ressources humaines, à savoir :

- la maîtrise de l’évolution de leur potentiel d’enseignants et de chercheurs : les présidents peuvent en effet prendre des actes de gestion et des décisions (titularisation, détachement, mise à disposition, la délégation, l’avancement) touchant l’ensemble des personnels afin de gérer leurs effectif.
- la compétence en matière d’attribution des primes aux personnels et de création d’intéressement pour améliorer - la rémunération des agents les plus méritants.
- la possibilité de recruter des contractuels, sur contrat à durée déterminée ou indéterminée.

Les universités autonomes accèdent également à de nouvelles compétences en matière de gestion budgétaire. Avant l’autonomie, ces établissements ne disposaient d’une marge de manœuvre que sur près de 25 % de leur budget. Avec leur nouveau budget global, les universités ont désormais une totale maîtrise de leurs emplois et de leur utilisation. Ce budget global inclue la gestion des emplois (ce qui représente pour les 33 universités autonomes en 2010, plus de 65 400 emplois) et la masse salariale (ce qui représente plus de 3,5 Mds€ pour ces 33 universités).