Tout comme les écoles de commerce en France, le Collège d'Europe à Bruges et Natolin, met en place des chaires pour financer ses activités d'enseignement et de recherche. Il a, pour les années qui viennent, comme projet de mettre en place plusieurs programmes académiques dans ce cadre.

Ainsi, le collège entend-il mettre sur pied un programme d'étude des relations internationales de l'Union européenne ou encore un autre sur l'intégration régionale dans différentes parties du monde. Il prévoit également de monter un projet en Turquie. Le tout, grâce aux co-financements d'institutions publiques ou privées.

Le Collège d'Europe, dont la dernière promotion totalisait 400 étudiants (280 à Bruges et 120 à Natolin) de 47 nationalités, compte déjà un chaire Toyota (Industrie et développement durable) et une autre de civilisation européenne (en partenariat avec la fondation Bosch).