Le programme a également pour vocation de faire de l'espace éducatif européen un espace relativement homogène. A cette fin, Erasmus Mundus prévoit la création de 250 parcours intégrés (dénommés European Union Masters Courses) impliquant trois universités de trois Etats, labellisés par un diplôme commun. Les étudiants devront faire leurs études dans au moins deux de ces universités pour obtenir le Master (équivalent à un niveau bac+5 pour la France), un diplôme alors reconnu au niveau européen.
Le dispositif s'inspire d'initiatives privées éprouvées avec succès depuis maintenant plus de 30 ans, tel le parcours européen de l'ESCP-EAP dans trois pays différents, le CEMS Master, label commun de prestigieuses business schools européennes (dont HEC pour la France), les programmes de la European School of Economics ou de la European Business School…
Aucun de ces programmes n'avait toutefois pu se voir accorder une reconnaissance officielle au niveau européen, inexistante jusqu'alors.

Par ailleurs, Erasmus Mundus prévoit d'attribuer des bourses d'un montant de 1.600 euros à 4.200 étudiants diplômés de pays tiers, afin de les inciter à venir effecteur leur troisième cycle en Europe. Enfin, le programme devrait favoriser la venue de 1.000 professeurs du monde entier pour des missions de trois mois minimum au sein de l'UE. Des objectifs modestes qui ne sont pas sans rappeler les débuts du programme Erasmus : en 1987 les bourses avaient profité à 3.244 étudiants. Depuis, 1 million d'étudiants en ont bénéficié.