A l'heure de la réforme sur l'autonomie des universités, la fixation des droits échappe donc aux établissements. Ceux-ci peuvent être tentés d'appliquer des frais dits « complémentaires » - une pratique épinglée par la justice. La ministre, Valérie Pécresse, a indiqué avoir « donné instruction aux Recteurs Chanceliers des universités de veiller scrupuleusement au respect de la législation en matière de fixation des droits d'inscription par les universités ». C'est-à-dire que les droits complémentaires doivent correspondre à « des prestations effectivement rendues aux usagers » et demeurer facultatifs.
D'après le ministère, « les droits d'inscription décidés pour la prochaine rentrée resteront stables en euros constants, c'est-à-dire que leur évolution suivra celle du coût de la vie (1,7 %) ». Ce taux correspond à l'inflation de 2006. Il est à mettre au regard des taux d'augmentation des frais d'inscription les deux années précédentes: 4,9% en moyenne en 2006, 4% en 2005. L'Unef n'en a pas moins déploré « l'alourdissement » du coût de la rentrée étudiante de 2007.

Dans le détail, les frais passent de 162 à 165 euros pour une année du cursus licence, de 211 à 215 euros pour une année de master et de 320 à 326 euros pour une année de doctorat.