A l'issue d'une 1ère année, 73,7% des étudiants de prépas poursuivent dans cette voie l'année suivante. Les classes littéraires subissent la désaffection la plus forte, au cours ou à la fin de la 1ère année, avec 45,4% d'abandons. Les taux de sortie sont de 22,9% en prépas scientifiques et 21% en prépas économiques. D'après une précédente enquête du ministère, près de 56% des étudiants qui quittent une CPGE en 1ère année vont à l'université, 18% en IUT, 3% en STS et 23% dans d'autres cursus (écoles de commerce, écoles d'art et d'architecture etc).
Le taux d'abandon en 2e année de prépa est moins fort que dans les autres cursus bac+1 en moyenne. Les arrêts d'études sont quasiment inexistants alors qu'ils concernent 6,5% des étudiants en 2e année du supérieur.
Quelle que soit la filière choisie en prépa, un étudiant "en retard" (ayant obtenu son bac après ses 18 ans) quittera plus souvent la prépa en 1ère année qu'un étudiant "à l'heure" ou "en avance", surtout en classes scientifiques. La poursuite en CPGE dépend aussi du bac obtenu: par exemple en classes scientifiques, les bacheliers S sont plus avantagés que les bacheliers technologiques. Autre déterminant: le fait d'être interne. Il réduit les risques de sortie dans les filières littéraires et scientifiques.
De plus, les étudiants issus de milieux populaires sont désavantagés en classes littéraires et scientifiques quant à la poursuite en prépa, alors que l'appartenance ne joue pas dans les classes économiques et sociales. Parmi les derniers facteurs expliquant l'abandon en 1ère année, on note l'influence de l'établissement, de la nationalité - les étudiants étrangers arrêtent plus fréquemment - et le sexe. Ainsi, une fille en sciences a plus de chances de ne pas poursuivre, toutes choses égales par ailleurs. En classes littéraires et économiques toutefois, filles et garçons connaissent le même sort.