Nicolas Sarkozy a annoncé qu'il donnerait aux universités volontaires une autonomie réelle. Ce qui signifie que ces établissements pourraient notamment « organiser librement leurs filières d'enseignement, recruter leurs élèves et leurs enseignants, les payer comme elles l'entendent, utiliser leur patrimoine et signer des partenariats ». Il a, en outre, souhaité rénover la gouvernance des universités avant la fin de 2007, notamment en faisant une place aux personnalités extérieures dans les conseils d'administration et en permettant que le mandat des présidents d'université soit renouvelable.
Il a, par ailleurs, annoncé vouloir ajuster le nombre de places dans les différentes filières de l'université en fonction des débouchés sur le marché du travail. M. Sarkozy n'a toutefois pas précisé comment il s'y prendrait pour ce faire.