Les PRES préfigurent une nouvelle organisation du paysage français des universités et de la recherche, dans un contexte de compétition internationale et de besoin de mutualiser les moyens. Leurs conséquences se feront rapidement sentir sur la multitude d’établissements de toute taille et toute spécialité répartis sur le territoire, héritage d’un quart de siècle qui a vu la massification de l’enseignement supérieur. Cette organisation, qui ne produit plus toujours les effets escomptés, a montré ses limites. La Conférence des présidents d’université (CPU) refuse cependant que la nouvelle politique étatique visant l’excellence conduise à un « système à deux vitesses » qui laisserait de côté des universités de second rang. Jacques Fontanille, président de la commission recherche de la CPU, s’en est expliqué auprès de l’Observatoire Boivigny. Chaque pays européen réagit à sa manière à l'intensification de la concurrence : en Grande-Bretagne et en Allemagne, les gouvernements favorisent des universités d'élite.

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