Les 20 universités sont également toutes passées au crible d’un audit, lequel a permis de mettre à jour des incohérences et d’améliorer les pratiques comptables et budgétaires, avec la création d’un contrôle de gestion dans chaque université. L’université de Troyes, par exemple, « a mis en place une comptabilité analytique, qui lui permet de prévoir son budget de formation et de recherche en adoptant une vision stratégique, et d’avoir une vision complète des coûts par activité, par niveau de formation, par domaine de recherche ». Autre exemple, celui de l’université de La Rochelle où « l’audit a permis une réorganisation de ses pratiques budgétaires, faisant diminuer de 20% son budget initial ».
Les universités savent désormais sur quelles bases travailler, même si elles ne savent pas encore précisément la somme qui leur sera attribuée. Valérie Pécresse recevra chaque président d’université pour faire le point sur l’état d’avancement de chacun et pour finaliser l’accord sur les moyens qui leurs seront alloués en 2009. D’ici janvier, ils devront adapter leur système d’information afin d’avoir une connaissance exacte et une maîtrise de la masse salariale, il leur faudra aussi signer un accord avec la trésorerie générale qui s’occupera de distribuer la paye. Les recteurs et les trésoriers seront formés pour faire face à leurs nouvelles responsabilités.
Pour les 20 universités, le passage à l’autonomie dans de bonnes conditions est essentiel ; un retard à l’allumage pourrait avoir des conséquences néfastes sur leur avenir. Comme l’a souligné Valérie Pécresse, « l’autonomie, c’est l’entrée de l’université dans la culture du résultat ». Un ensemble d’indicateurs va être publié au premier trimestre 2009 (sur l’insertion professionnelle, la valeur ajoutée pour les étudiants, …) et les futurs budgets des universités seront pondérés en fonction de leur indice de performance.