Conformément au principe d’autonomie de l’université, le Pr Hardy suggère de laisser aux instances de l’école une fois créée, notamment au conseil scientifique, la liberté d’élaborer le projet pédagogique et scientifique de celle-ci. Mais pour donner l’impulsion, il propose la co-habilitation par l’EHESP et des universités, de trois masters existants : en éducation pour la santé (Université de Clermont-Ferrand), en droit, éthique, santé, protection sociale (Rennes I) et en santé environnementale (Paris VII-XI). L’école, ou plutôt le réseau EHESP, pourrait ensuite s'élargir progressivement sur la base du volontariat, autour de projets partagés.
L’intégration de l’ENSP, une école prestigieuse qui fait aujourd’hui référence pour la formation des directeurs d’hôpitaux, pourrait lui faire perdre sa spécificité au sein de l’EHESP. C’est pourquoi l’association des directeurs d’hôpitaux, rassemblant des anciens de l’école rennaise, s’est élevée contre « l’instauration d’un mastère commun aux différentes professions représentées à l’EHESP qui aurait pour effet de nier toutes spécificités de chacun des métiers en le fondant dans une qualification générique ». Certains, parmi le personnel de l’ENSP, seraient favorables à ce qu’elle s’insère purement et simplement dans le nouvel établissement, en gardant ses missions, son organisation et ses financements.
Le Pr Hardy reste volontariste : « L’ENSP va immédiatement se fondre, dans une forme à définir, dans l’EHESP, l’université y viendra sans doute de façon plus lente et, dans un premier temps, sur une base conventionnelle. La vie de la future école sera, comme pour tous les établissements d’enseignement supérieur, rythmée par les contrats quadriennaux. Le premier devra être conclu au plus vite car sa signature et son contenu constitueront les éléments d’un message fort adressé à tous ceux qui doutent encore de l’intérêt de la réforme et hésitent à y prendre leur place. », conclut le rapporteur.