En novembre 2005, le gouvernement de Dominique de Villepin lance son Pacte pour la recherche. Voté en avril 2006, ce pacte crée notamment de nouvelles structures, les PRES (Pôles de recherche et d'enseignement supérieur) et les RTRA (Réseaux thématiques de recherche avancée). Les PRES « constituent des outils de mutualisation d'activités et de moyens (…) et visent à renforcer l'efficacité, la visibilité et l'attractivité du système d'enseignement supérieur et de recherche français », selon le ministère de l'Education nationale. Les seconds sont destinés, en regroupant les meilleures unités de la recherche en France, et avec l'aide financière de l'Etat, à devenir des pôles d'excellence de la recherche française.
A ce jour, treize projets de création de RTRA ont été sélectionnés, dont celui de l'Ecole d'économie de Paris. Cette structure, qui s'appelle également - ambition internationale oblige - Paris School of Economics (PSE), s'appuie sur plusieurs centres parisiens de recherche et de formation existants. L'EHESS, l'ENS, Paris I, les Ponts et Chaussées, le CNRS ou encore l'Inra sont ainsi parties prenantes dans le projet.

Ces institutions ont choisi de mettre en commun une part de leurs ressources humaines et financières pour développer des projets ambitieux, améliorer leur visibilité et attirer ou garder les meilleurs doctorants, chercheurs et enseignants. L'EEP va pouvoir compter sur plusieurs sources de financement. 20 millions d'euros lui ont été initialement attribués par l'Etat. Dans le cadre du contrat de projet Etat-Region, l'EEP devrait aussi recevoir 40 millions d'euros. La Région Ile-de-France ainsi que la ville de Paris ont également prévu d'apporter un peu moins de 14 millions d'euros dans les années à venir. Mais la grande nouveauté, c'est que l'EEP peut, à l'image des autres RTRA qui sont dotés du nouveau statut de Fondation de Coopération Scientifique, faire appel à la générosité des entreprises.

Les projets de recherche conduits au sein de l'EEP, qui accueille 200 chercheurs et près de 300 étudiants de niveau master et doctorat, se veulent porteurs d'idées et sont appelés à nourrir les politiques économiques. Les chercheurs s'intéresseront notamment à l'aide au développement, à la taxation dans un monde globalisé ou aux politiques d'égalité des chances. Ces projets bénéficieront du label EEP et donc, en théorie, profiteront d'une plus grande visibilité. Mais les établissements qui se regroupent au sein de l'Ecole n'en perdront pas pour autant leurs prérogatives : la fondation n'a pas de capacité diplômante et si elle peut recruter temporairement des enseignants étrangers, les enseignants permanents demeureront intégrés à leur établissement d'origine. Le conseil d'administration de l'EEP regroupera, à terme, les établissements membres et les partenaires privés. Ni l'Etat ni les représentants du personnel n'y siégeront. Une nouveauté dans le milieu universitaire français.

La constitution d'une telle structure ne plaît évidemment pas à tout le monde. Si elle permet de transcender certaines lourdeurs du système universitaire actuel, elle ne répond pas pour autant à la question, vitale, d'une refonte globale de l'enseignement supérieur français. Les RTRA, comme les PRES, visent à contourner les difficultés actuelles et permettent aux pouvoirs publics de reporter la mise en oeuvre d'une réforme de fond. S'il advenait que l'EEP ne réussisse pas à dégager des synergies efficaces et à rayonner au plan international, les critiques ne manqueraient pas de souligner le temps perdu et le goût étrange de l'enseignement supérieur français pour l'exception, plutôt que pour la règle.